Foi construído entre 1244 e 1246 por ordem do prefeito Filippo Ugoni como uma extensão dos edifícios municipais do Palazzo del Podestà e chamado Palatium Novum, no entanto os seus eventos históricos sempre o ligaram à figura do Rei Enzo da Sardenha. Apenas três anos após sua construção, o Palatium Novum tornou-se a residência forçada do rei Enzo da Sardenha, filho do imperador Frederico II da Suábia, que foi feito prisioneiro perto de Modena durante a Batalha de Fossalta, na qual os bolonheses saíram vitoriosos contra as tropas imperiais de Enzo da Suábia. O rei permaneceu no palácio por vinte e três anos, de agosto de 1249 até sua morte em 14 de março de 1272, provavelmente em aposentos devidamente equipados no segundo andar. No piso térreo ficavam a carruagem e as máquinas de guerra, enquanto no primeiro andar ficavam os escritórios do pretor e a capela. Em 1386, Antonio di Vincenzo construiu a Sala del Trecento em alvenaria, mais tarde usada como arquivo municipal. Em 1905, Alfonso Rubbiani restaurou a aparência gótica do edifício, reconstruindo as ameias originais, os arcos do térreo, a escadaria do século XV e reabrindo as janelas de três luzes. Ele também fez inúmeras adições criativas, em consonância com a moda neomedieval da época.